發酵類生物制藥的過程是將微生物產生的次級代謝產物積累、分離、提取及純化的過程。主要產物包括抗生素類、維生素類、氨基酸類、有機酸類、酶類等藥物。1種類

1.1主生產過程排水:此類排水是主要的一類 廢水 ，包括廢濾液、廢母液、其它母液、溶劑回收殘液等。該廢水濃度高、酸堿性和溫度變化大，藥物殘留是此類廢水顯著的特點，雖然水量不是很大，但是其中污染物含量高，對全部廢水中的COD貢獻比例大，處理難度大。

1.2輔助過程排水:該類廢水包括工藝冷卻水、動力設備冷卻水、循環冷卻水系統排污、去離子水設備過程排水等。此類廢水污染物濃度低、量大、季節性強、企業間差異大，是近年來企業節水的目標

1.3沖洗水:該類廢水包括容器設備沖洗水、過濾設備沖洗水、樹脂柱沖洗水、地面沖洗水等。其中過濾設備沖洗水污染物濃度高，主要是懸浮物，如果控制不當，也會成為重要污染源;樹脂柱沖洗水水量較大，初期沖洗水污染物濃度高，并且酸堿性變化大，也是一類重要廢水。

2特點:(1)排水點多，高、低濃度廢水單獨排放，有利于清污分流。(2)高濃度廢水間歇排放，酸堿性和溫度變化大，需要較大的收集和調節裝置。(3)污染物濃度高。廢濾液、廢母液等高濃度廢液的COD濃度一般為104mg/L。(4)C/N比低。發酵過程中為滿足發酵微生物次級代謝過程的特定要求，一般控制生產發酵的C/N為4∶1左右，這樣廢發酵液中的BOD/N一般在1～4之間，與廢水處理微生物的營養要求相差甚遠，嚴重影響微生物的生長與代謝，不利于提高廢水生物處理的負荷和效率。(5)含氮量高。主要以有機氮和氨態氮的形式存在，發酵廢水經生物處理后氨氮指標往往不理想，并在一定程度上影響COD的去除。(6)硫酸鹽濃度高。硫酸銨是發酵的氮源之一，硫酸是提煉和精制過程中重要的pH值調節劑，大量使用的硫酸銨和硫酸，造成很多發酵制藥廢水中硫酸鹽濃度高，給廢水厭氧處理帶來困難。(7)廢水中含有微生物難以降解，甚至對微生物有抑制作用的物質。破乳劑、消泡劑、黃血鹽、草酸鹽、殘余抗生素及其降解物等，這些物質達到一定濃度會對微生物產生抑制作用.(8)發酵生物制藥廢水一般色度較高。